COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-27 17:00:00 10.507393 13.964295 14.276360
2021-04-26 17:00:00 15.321249 15.321249 14.454081
2021-04-25 17:00:00 14.524942 14.524942 14.547901
2021-04-24 17:00:00 12.559996 12.559996 14.623656
2021-04-23 17:00:00 14.922159 14.922159 14.728562
2021-04-22 17:00:00 14.445795 14.445795 14.889124
2021-04-21 17:00:00 13.482796 13.482796 15.019632

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-27 17:00:00 4.684789 9.282822 9.095475
2021-04-26 17:00:00 10.874439 5.784138 9.021559
2021-04-25 17:00:00 9.265010 9.265010 9.416057
2021-04-24 17:00:00 7.298881 7.298881 9.648303
2021-04-23 17:00:00 9.421586 9.421586 9.935479
2021-04-22 17:00:00 14.027694 14.027694 10.261522
2021-04-21 17:00:00 9.465738 9.465738 10.639460

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-27 17:00:00 12.693935 22.566996 20.980789
2021-04-26 17:00:00 5.549390 17.425083 21.072511
2021-04-25 17:00:00 20.375000 20.375000 20.981849
2021-04-24 17:00:00 21.536351 21.536351 21.162826
2021-04-23 17:00:00 23.020706 23.020706 21.299590
2021-04-22 17:00:00 23.276836 23.276836 21.613687
2021-04-21 17:00:00 16.398104 21.761006 22.022819

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-27 17:00:00 12.332440 12.332440 15.415774
2021-04-26 17:00:00 11.419753 27.777778 15.258257
2021-04-25 17:00:00 19.032639 19.032639 15.123033
2021-04-24 17:00:00 16.253361 16.253361 14.948308
2021-04-23 17:00:00 15.605014 11.780507 14.842460
2021-04-22 17:00:00 12.484472 12.484472 14.885213
2021-04-21 17:00:00 12.170543 14.344450 14.883097

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-27 17:00:00 11.267798 11.267798 13.107611
2021-04-26 17:00:00 17.180381 24.845886 13.030859
2021-04-25 17:00:00 13.038892 13.038892 12.898505
2021-04-24 17:00:00 10.898651 10.898651 12.832554
2021-04-23 17:00:00 12.517474 12.517474 12.746395
2021-04-22 17:00:00 10.968963 10.968963 12.740551
2021-04-21 17:00:00 12.595420 12.595420 12.778193

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-27 17:00:00 23.136000 23.136000 27.633489
2021-04-26 17:00:00 35.670732 35.670732 28.109477
2021-04-25 17:00:00 30.981120 30.981120 28.509647
2021-04-24 17:00:00 25.665102 25.665102 28.580559
2021-04-23 17:00:00 30.812169 30.812169 29.214146
2021-04-22 17:00:00 28.426682 28.426682 29.822807
2021-04-21 17:00:00 17.495396 17.495396 29.839898

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-27 17:00:00 9.226190 9.226190 9.734679
2021-04-26 17:00:00 9.099181 5.170631 9.860233
2021-04-25 17:00:00 8.936377 8.936377 9.926431
2021-04-24 17:00:00 10.548087 10.548087 9.645040
2021-04-23 17:00:00 12.133072 12.133072 9.666622
2021-04-22 17:00:00 11.462882 11.462882 9.952029
2021-04-21 17:00:00 12.632085 12.632085 10.185762

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-27 17:00:00 5.114658 5.114658 6.239201
2021-04-26 17:00:00 12.294350 5.270928 6.195560
2021-04-25 17:00:00 7.483423 7.483423 6.193665
2021-04-24 17:00:00 6.786384 6.786384 6.252043
2021-04-23 17:00:00 7.096362 7.096362 6.328943
2021-04-22 17:00:00 6.940547 6.940547 6.376295
2021-04-21 17:00:00 6.348078 6.348078 6.388376

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-27 17:00:00 9.418403 9.418403 12.680269
2021-04-26 17:00:00 16.260163 16.260163 12.790385
2021-04-25 17:00:00 13.906057 13.906057 12.745144
2021-04-24 17:00:00 12.590253 12.590253 12.823314
2021-04-23 17:00:00 13.909774 13.909774 12.871219
2021-04-22 17:00:00 12.286563 12.286563 13.005430
2021-04-21 17:00:00 12.377850 12.377850 13.143675

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-27 17:00:00 10.014631 10.014631 13.416941
2021-04-26 17:00:00 11.082867 13.492935 13.895683
2021-04-25 17:00:00 13.492935 13.492935 14.325597
2021-04-24 17:00:00 14.036898 14.036898 14.968464
2021-04-23 17:00:00 15.063746 15.063746 15.672774
2021-04-22 17:00:00 15.045574 15.045574 16.501295
2021-04-21 17:00:00 14.016191 14.016191 17.312722

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-27 17:00:00 10.674964 10.674964 11.777655
2021-04-26 17:00:00 16.803279 5.887985 11.966496
2021-04-25 17:00:00 12.871287 12.871287 12.266551
2021-04-24 17:00:00 12.494558 12.494558 12.507259
2021-04-23 17:00:00 14.386584 14.386584 12.636850
2021-04-22 17:00:00 13.412229 13.412229 12.822844
2021-04-21 17:00:00 14.248990 14.248990 13.078534

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-27 17:00:00 0.967742 0.967742 5.706725
2021-04-26 17:00:00 4.747774 4.747774 5.746297
2021-04-25 17:00:00 3.892617 3.892617 5.915239
2021-04-24 17:00:00 10.132159 10.132159 6.028323
2021-04-23 17:00:00 3.356890 3.356890 6.217110
2021-04-22 17:00:00 9.450830 9.450830 6.425239
2021-04-21 17:00:00 4.567541 8.744186 6.560833

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-27 17:00:00 3.067093 3.067093 5.643745
2021-04-26 17:00:00 1.626016 5.657093 5.387584
2021-04-25 17:00:00 8.909574 8.909574 5.437158
2021-04-24 17:00:00 6.614447 6.614447 5.435692
2021-04-23 17:00:00 5.919854 5.919854 5.306874
2021-04-22 17:00:00 7.947020 7.947020 5.153751
2021-04-21 17:00:00 9.298532 4.853181 5.025712

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-27 17:00:00 31.560284 31.560284 34.020386
2021-04-26 17:00:00 15.533981 34.362934 34.253827
2021-04-25 17:00:00 30.536913 30.536913 34.663990
2021-04-24 17:00:00 25.597270 25.597270 34.654037
2021-04-23 17:00:00 37.065637 37.065637 35.600066
2021-04-22 17:00:00 45.814978 45.814978 36.229880
2021-04-21 17:00:00 50.420168 50.420168 36.993181

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-27 17:00:00 11.251687 11.251687 15.054044
2021-04-26 17:00:00 19.825480 9.520617 15.002817
2021-04-25 17:00:00 20.148331 20.148331 14.971048
2021-04-24 17:00:00 12.299625 12.299625 15.041251
2021-04-23 17:00:00 18.421053 18.421053 15.244050
2021-04-22 17:00:00 21.028440 21.028440 15.499700
2021-04-21 17:00:00 16.583158 16.583158 15.809038

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-27 17:00:00 23.208791 32.871595 42.195000
2021-04-26 17:00:00 17.427841 43.112897 40.491658
2021-04-25 17:00:00 50.376884 50.376884 40.126951
2021-04-24 17:00:00 35.154062 35.154062 40.114185
2021-04-23 17:00:00 59.243697 59.243697 39.770264
2021-04-22 17:00:00 46.039845 46.039845 39.812380
2021-04-21 17:00:00 38.955275 38.955275 39.658779

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-27 17:00:00 6.222639 6.222639 8.637115
2021-04-26 17:00:00 7.640068 8.800264 8.754931
2021-04-25 17:00:00 6.759907 9.414056 8.945424
2021-04-24 17:00:00 8.710562 8.710562 9.010360
2021-04-23 17:00:00 8.800264 8.800264 9.106632
2021-04-22 17:00:00 9.185102 9.185102 9.111748
2021-04-21 17:00:00 10.535466 10.535466 9.040620

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-27 17:00:00 9.838811 9.838811 11.536196
2021-04-26 17:00:00 13.981167 11.584309 11.794559
2021-04-25 17:00:00 16.541940 11.655498 11.856720
2021-04-24 17:00:00 12.196480 12.196480 11.964599
2021-04-23 17:00:00 9.869468 9.869468 12.112783
2021-04-22 17:00:00 12.641003 12.641003 12.301434
2021-04-21 17:00:00 13.426457 13.426457 12.456171

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-27 17:00:00 8.161351 14.243277 11.167007
2021-04-26 17:00:00 17.300469 9.236746 11.027793
2021-04-25 17:00:00 11.968918 11.968918 11.129718
2021-04-24 17:00:00 10.217968 10.217968 11.216151
2021-04-23 17:00:00 10.783787 10.783787 11.365424
2021-04-22 17:00:00 11.855142 11.855142 11.509019
2021-04-21 17:00:00 11.457951 11.457951 11.699916

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-27 17:00:00 9.846154 9.846154 13.506165
2021-04-26 17:00:00 21.739130 13.907285 13.691339
2021-04-25 17:00:00 17.706577 17.706577 13.965348
2021-04-24 17:00:00 13.671875 13.671875 14.007770
2021-04-23 17:00:00 20.120120 15.990991 14.323845
2021-04-22 17:00:00 17.070218 13.075061 14.495973
2021-04-21 17:00:00 14.304636 14.304636 14.839605

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-27 17:00:00 19.230769 19.230769 25.760154
2021-04-26 17:00:00 76.811594 32.515337 27.242501
2021-04-25 17:00:00 28.089888 28.089888 26.844837
2021-04-24 17:00:00 29.032258 29.032258 26.778407
2021-04-23 17:00:00 27.607362 27.607362 26.661787
2021-04-22 17:00:00 22.674419 22.674419 27.114788
2021-04-21 17:00:00 34.328358 34.328358 27.686599

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-27 17:00:00 21.131323 21.131323 26.643616
2021-04-26 17:00:00 19.822156 34.457206 27.189793
2021-04-25 17:00:00 26.621622 26.621622 27.038230
2021-04-24 17:00:00 14.898489 28.471412 26.918271
2021-04-23 17:00:00 73.352232 28.414550 26.667684
2021-04-22 17:00:00 23.981900 23.981900 26.495115
2021-04-21 17:00:00 31.913652 31.913652 26.282698

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 4.684789 9.282822 9.095475
Basilicata 12.693935 22.566996 20.980789
Calabria 12.332440 12.332440 15.415774
Campania 11.267798 11.267798 13.107611
Emilia-Romagna 23.136000 23.136000 27.633489
Friuli Venezia Giulia 9.226190 9.226190 9.734679
Lazio 5.114658 5.114658 6.239201
Liguria 9.418403 9.418403 12.680269
Lombardia 10.014631 10.014631 13.416941
Marche 10.674964 10.674964 11.777655
Molise 0.967742 0.967742 5.706725
P.A. Bolzano 3.067093 3.067093 5.643745
P.A. Trento 31.560284 31.560284 34.020386
Piemonte 11.251687 11.251687 15.054044
Puglia 23.208791 32.871595 42.195000
Sardegna 6.222639 6.222639 8.637115
Sicilia 9.838811 9.838811 11.536196
Toscana 8.161351 14.243277 11.167007
Umbria 9.846154 9.846154 13.506165
Valle d'Aosta 19.230769 19.230769 25.760154
Veneto 21.131323 21.131323 26.643616

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

Exported from Italia/Percent_Positive.ipynb committed by maxdevblock on Tue Apr 27 17:58:32 2021 revision 275, b95f457b